Анатомия растений изучает их строение на клеточном и тканевом уровнях. Изучение внутренней структуры растений невозможно без цитологии (науки о строении и особенностях растительной клетки) и гистологии (науки о строении растительных тканей) растений.
Морфология растений изучает строение тела растительных организмов, внешнее строение органов растений. Морфология растений как фундаментальная ботаническая дисциплина абсолютно необходима для решения разнообразных практических задач: медицинских, лесохозяйственных, природоохранных и многих других.
Морфологические признаки составляют основу классификации растений, так как без знания структуры невозможно изучать жизненные процессы, происходящие в растениях. Изучение структурных особенностей растений необходимо для развития других ботанических дисциплин. Решение как частных ботанических, так и общебиологических проблем возможно благодаря специфическим методам, используемым в морфологии растений:

1. Сравнительно-морфологический (описательный) - изучение топографических закономерностей в строении растений.

2. Онтогенетический - изучение закономерностей морфогенеза в процессе индивидуального развития растения (онтогенеза) от зиготы до смерти. При этом важное значение имеет анализ всех проявлений морфогенеза: особенностей роста, морфологической и анатомической дифференциации тела растения, возникающих в процессе его развития, полярности, симметрии, корреляции.

3. Эволюционная морфология (изучение морфогенетических изменений в процессе эволюции) основана на синтезе данных онтогенетической морфологии и сравнительной морфологии ныне живущих и вымерших растений. Задача эволюционной морфологии — изучение общих закономерностей преобразования структуры растений в процессе эволюции, без знания которых невозможно решение вопросов, связанных с филогенией растений, отражающей не только родственные отношения между разными таксонами, но и основные направления их эволюции. Сходство морфологических признаков может не быть следствием родства, а либо параллельного развития нескольких групп растений от каких-то общих предков, либо следствием конвергенции — появлением сходных особенностей строения под влиянием одинаковых условий существования.

4. Функциональная морфология (изучение взаимодействия структуры и функции).Соединение морфологического и физиологического методов исследования дает представление о растении как целостной структурно-функциональной и динамичной системе, которая приспособлена к жизни в определенной экологической обстановке и реагирует на любые изменения внешних условий.